Klosterkomplexet består utav två kyrkobyggnader som utgör huvuddelen, samt ett antal mindre huskroppar med kapell, matsal, boende och bibliotek. Den nedre kyrkan byggdes först, och stod klar år 1008, men invigdes och konsekrerades först ett år senare. Den är, precis som den övre kyrkobyggnaden som stod klar runt år 1020, byggd i den inrikting av den romanska arkitekturen som kommit att kallas Lombardisk stil; efter sitt ursprung i norra Italien. Den kännetecknas bland annat av sk Lombardiska band, en sorts blindvalv, ofta som ensam exteriör dekoration. Tjocka väggar, rundbågar och en avsaknad av skulpterade detaljer är andra karakteristika, tillsammans med rikt bemålade interiörer som dock sällan bevarats i sin helhet till våra dagar. Den Lombardiska stilen spred sig från dåvarande Lombardiet i Italien, och finns representerad i södra Frankrike och Katalonien.

Saint Martin du Canigou skadades svårt i en stor jordbävning år 1428, en skakning som lokalt fortfarande går under namnet terratrèmol de la candelera eftersom den inträffade på Kyndelsmässodagen. Benediktinerna byggde upp sitt hem igen och levde här en stilla tillvaro ända fram till 1779, då dom endast var fem stycken kvar. Munkarna gjorde då en hemställan till påven om att få lämna klostret då dom levde i svårt armod och hade svårt att klara tillvaron. 1783 fick dom sin önskan tillgodosedd, och Saint Martin du Canigou övergavs. Det konfiskerades under franska revolutionen och köptes sedermera av en lokal markägare som sålde en stor del av den huggna stenen vidare och renderade byggnaderna till ruiner. År 1902 fick klostret dock återigen upprättelse då Monsignor Jules de Carsalade du Pont, biskop av Perpignan-Elne, tog det under sina vingar och bestämde sig för att inte bara restaurera byggnaderna, utan även förläna platsen den andliga betydelse den så länge stått för.

Idag tar man emot troende från hela världen som vill ta del av Benediktinordens läror och prova på att leva i ett kollektiv, men också den som vill dra sig undan världen för några dagar i en s k "retreat". Man tar emot enskilda individer, likväl som par, och alla uppmanas att delta i klostrets aktiviteter; praktiska som andliga. Är man intresserad av en vistelse så skickar man en skriven förfrågan, och man är välkommen att stanna mellan två och sex dagar, måndagar är det stängt. Man uppmanas att ta del av böner två gånger per dag, att äta i gemenskap och att skänka en timme av sin tid varje förmiddag för att hjälpa till med någon av dagens sysslor. Priset väljer man själv utifrån sin egen förmåga, men man informeras om att en natt kostar någonstans mellan 25 och 36 euro.