Från början ett enkelt kapell men med ett naturligt defensivt läge hamnade Mont-Saint-Michel så småningom under normandiskt förmyndarskap och den heliga platsen övertogs av en grupp benediktinermunkar år 966, som snabbt utökade verksamheten och innan millennieskiftet hade uppfört en kyrka. Kommande århundraden såg an bygget av ytterligare en klosterkyrka i normandisk-romansk stil, och därefter en omfattande befästning av ön som stod emot den brittiska invasionen under det hundraåriga kriget och blev en viktig motivator för det franska motståndet, inte minst för Jeanne d'Arc. Klosterkomplexet användes dels i det egna försvaret, för att säkra viktiga nyckelpersoner i den franska statsmakten, men även som ett naturligt avgränsat fängelse.

I takt med reformationen och en omdaning av den religionspolitiska världskartan minskade antalet pilgrimsresor till ön som under sin storhetstid bar smeknamnet Mont-Saint-Michel au péril de la mer (ungefär Mont-Saint-Michel i fara för havet), och platsen blev allt mindre en viktig kristen vallfärdsort. Den kvarvarande kyrkliga verksamheten lade till slut ner helt, och klostret tömdes på munkar. Efter den franska revolutionen drog den ombildade staten nytta av det isolerade och enkelt övervakade läget och ön tjänstgjorde återigen som högsäkerhetsfängelse för politiska fångar under större delen av ett sekel. Men under senare delen av 1800-talet höjdes röster inom kultureliten, med Victor Hugo i spetsen, för att restaurera vad som av många ansågs vara en nationell arkitektonisk skatt. Uppgiften föll på arkitekten Èdouard Corroyer att göra en grundlig besiktning av byggnationen, och under två år jobbade han outtröttligt med att dokumentera hart när hela klippan. År 1874 förlänades Mont-Saint-Michel i sin helhet titeln som Monument historique, för att sedan under femton frenetiska år genomgå en omfattande restaurering och katalogisering under överinseende av monsieur Corroyer. Under andra världskriget nyttjades ön tillfälligt av de tyska invasionsstyrkorna, och blev dessutom en populär turistort för många tillresta tyska familjer. 1979 antogs Mont-Saint-Michel till UNESCO's Världsarvslista.

Strax efter utnämningen som historiskt monument konstruerades år 1879 en landbrygga som förbinder ön med fastlandet, århundraden av tidvattenströmmar har gjort havsbotten till en förrädisk transportsträcka med fickor av kvicksand och ostadigt sediment. Landbryggan svämmades dock ofta och oförutsägbart över, och byggdes delvis om till en bro 2014 i ett enormt statligt finansierat projekt. Idag är Mont-Saint-Michel återigen en av Frankrikes mest välbesökta turistmål, och med sitt unika läge och spektakulära läge är det lätt att förstå dragningen!